公元1685年4月，三千清军携战舰、鸟枪、火炮等重武器从爱珲出发，分水陆两路挺进雅克萨，列炮攻城，迫使沙俄军队撤至尼布楚。清军摧毁雅克萨城，留兵驻守爱珲，并在这一带屯田以加强防务。

同年秋，沙俄增兵六百援助尼布楚，在得知清军撤兵后再度占领雅克萨。

康熙接到奏报后，当即下令再打，要打多久就打多久，一直打到完全胜利。

翌年7月，两千清军进抵雅克萨城，一边攻城，一边挖掘战壕以应对沙俄援军。

一场战事下来，八百多名侵略军被打到不剩百人。眼见雅克萨城旦夕可下，沙俄摄政王索菲亚紧急向清廷请求和谈，议定边界。清答应所请，准许侵略军残部撤往尼布楚。

公元1689年7月，双方缔结《中俄尼布楚条约》，约定以外兴安岭至海格尔必齐河和额尔古纳河为两国东段边界，黑龙江以北、外兴安岭以南和乌苏里江以东地区均为清朝领土。

以现在的眼光来看，中国失去了外兴安岭以北的小部分领土和以尼布楚为中心的蒙古东北部地区，似乎吃了亏。但在当时看来，尼布楚条约是一个平等条约，满清和沙俄谁都没占到便宜。

以当时的科技、交通和文化水平，无论对清朝还是对沙俄，尼布楚和雅克萨都是遥远的地方，双方对这些地方都未曾实行过有效统治。因此既谈不上清朝割让土地给沙俄，也谈不上沙俄割让领土给清朝。对于两国来说，占领这个地方投入太大，而回报太小，不值得展开大规模军事行动。

所以我们看中俄雅克萨之战的规模和烈度，不过两三千人对一千余人，对比平三藩和收复台湾时动辄数十万军队大规模对战，完全是小打小闹。这场战争实质，不过是双方秀肌肉、亮实力的外交手段而已。

康熙帝基于实际情况做出的决策，带来的是东北边境近一个半世纪的基本和平安宁。与此同时，中俄之间的经济文化往来不断深化，双方积极开展京师互市、库伦互市、齐齐哈尔互市等商贸往来活动，为两国带来了极为可观的现实利益。