但明代宗现在已自身难保了，明英宗复辟以后，他被软禁起来。

于谦则当庭被捕入狱。对于如何处理于谦，明英宗犹豫不定：他不是自己人，杀了才无后顾之忧，但他又是大功臣，杀之无名。

对于明英宗的犹豫，徐有贞只用九个字就坚定了他的决心：“不杀于谦，此举为无名。”无故诛杀于谦确实没有道理。但如果不杀于谦，明英宗复辟登基的举动更没有道理。

于谦被判斩立决。这是一个类似岳飞的莫须有之罪，史载：天下冤之！

他的政敌甚至上书说于谦罪该灭族，且他推荐的所有文武官员都应该被处死。刑部官员顶住压力，坚持要求维持原判，这才没有酿成更大的冤案。

据说行刑当天，天空阴云密布，于是天下人都说于谦是冤枉的。

宦官曹吉祥是于谦的政敌，他手下有个名叫朵儿的人在处死于谦的地方，痛哭酾酒祭奠。曹吉祥大怒，用鞭子把他抽得皮开肉绽，但是这个朵儿第二天一瘸一拐地继续来洒酒祭奠。

于谦死后，官兵按惯例抄家，发现家无余财，唯一奇怪的地方，是正屋被锁得严严实实。官兵撬开门锁，发现里面只有明代宗赐予的蟒袍和剑器。

孙太后获悉于谦死讯后，为之叹息好几天，搞得明英宗也后悔起来。

都督同知陈逵这才有机会，悄悄收敛了于谦的尸体。一年后，由其养子于康归葬于杭州西湖南岸三台山。

明英宗复辟以后，因为担心朝臣结党营私，于是起用锦衣卫为耳目，结果把石亨、石彪叔侄的罪行一点点揭发出来。石亨的亲信陈汝言继任兵部尚书一职后贪赃枉法，大肆收受贿赂。事发之后，明英宗召集大臣，黑着脸质问石亨：“于谦死时身无余财，陈汝言为何这么多？”石亨无言以对。

不久边疆再起战事，明英宗放眼朝堂，忽然发现无人可用。恭顺侯吴瑾轻声说道：“如果于谦在，定不会如此。”明英宗也为之无言以对。

这一年，徐有贞被充军流放。几年后，石亨被捕入狱，死于狱中。宦官曹吉祥谋反未遂，被灭族。他们死有余辜。

于谦则永垂青史。若干年后，《明史》为其立传，赞曰“忠心义烈，与日月争光。”