他觉得，自己此时击败桓玄，那自己必定成为司马元显的下个目标。

于是，他派儿子刘敬宣去向桓玄求和。

刘裕和刘牢之外甥何无忌，坚决反对刘牢之的做法。但没效果。

桓玄最后攻入建邺，斩杀司马元显，流放司马道子。

不久，他又找机会杀死司马道子。斩草除根。

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刘牢之也是一代名将。但他先叛老板王恭、投靠司马元显，导致王恭被杀；现在又叛司马元显、投靠桓玄，导致司马元显被杀。

桓玄控制了朝廷后，认为此人名声已毁，不适合担任北府军统领。于是打算撤销刘牢之兵权。

刘牢之再次露出反复无常的本性，鼓动手下将领一起反叛桓玄。

包括刘裕在内的一众北府军将领，无人再愿追随他。

刘牢之便弃官逃跑了。逃出去后，他却发现天下之大，无人愿意收留他。于是上吊自杀。

刘牢之打算背叛司马元显、投靠桓玄时，刘裕坚决反对。

后来刘牢之又鼓动大家反叛桓玄时，刘裕也是坚决反对。

桓玄欣赏刘裕的铁血军人性格和非凡作战能力，想拉拢收买刘裕为己所用。于是任命他为中军参军。

五斗米教教主孙恩得知晋国朝廷里，桓玄与司马元显打起来了，于是趁机又率军来攻打吴地。

但这次孙恩的运气极差。他的队伍一上岸就遭遇几路大军围堵，最后在临海郡被太守辛昺击败。队伍只剩不到万人。

孙恩被围堵，不愿被俘，投海自尽。

他的妹夫、副教主卢循收拾残军，乘船逃走。

桓玄控制朝廷大权后，改年号为大亨。

他任命亲兄桓伟为荆州刺史，从兄桓修为徐、兖二州刺史，从兄桓石生为江州刺史，从兄桓谦为尚书左仆射发小卞范之为丹阳太守…

桓玄封自己为太尉、平西将军、都督中外诸军事…

桓玄牢牢掌控朝廷大权后，罢黜奸佞、擢用贤臣。晋国出现短暂欣欣向荣气象。

但刘裕、何无忌等人看得清楚，深知桓玄目的是篡夺皇位。心中十分警惕。