于是，桓玄安安心心地要晋安帝司马德宗配合自己，按照老套路，演了一曲禅位戏。

桓玄再三推辞之后，却之不恭，无奈之下登上了皇位。改国号桓楚，年号永始。

桓玄降晋安帝为平固王，并让他迁居浔阳。

桓玄称帝后，他身边的谋臣和皇后刘氏，都认为必须除掉刘裕。

但桓玄认为刘裕是一介武夫，应该没什么大的野心。另外，刘裕的军事素质和个人作战实力，整个天下都找不出第二个。

自己已经杀了大部分北府军将领，基本肢解了北府军。要想北伐中原，刘裕不可或缺。对刘裕，今后要更加重用他，让他死心塌地追随自己是最佳选择。

这真是应验那句话：天作孽犹可恕，自作孽不可活。

而此时的刘裕，正如桓玄身边之人担心的那样，联络上了几乎所有愿北府军将领，积攒着实力。

终于，在桓玄称帝几个月后，刘裕率北府军起事，宣布讨伐桓玄。他攻占京口，杀死徐兖二州刺史桓修。

接着，刘裕大军进攻首都建邺。桓玄挟着平固王司马德宗逃到江陵。

刘裕进驻建邺，被推举都督扬徐兖豫青冀幽并八州诸军事、领军将军、徐州刺史。一时权势熏天。

刘裕派冠军将军刘毅、辅国将军何无忌、振武将军刘道规，继续紧追桓玄。

桓玄队伍抛下晋安帝及前后后宫所有人，只领少数人逃入益州。

在益州，他身边人陆续战死。

最后，桓玄被益州都护冯迁杀害。头颅被传回建邺，挂在城头。

刘裕迎回前晋安帝，恢复其皇位。

刘裕以晋安帝名义传诏，任命司马遵为侍中、大将军，坐镇中枢，总揽百官。

又举荐前丞相王导之孙王谧为扬州刺史、录尚书事，依靠他处理朝廷事务。

刘裕自己统帅军队、负责对外作战。

这时，实际掌控广州的卢循派人给刘裕送来贺礼、贡品；放回前广州刺史吴隐之。

晋国朝廷便下诏封卢循为广州刺史，承认他的掌控权。

过了不久，处理朝廷事务的王谧去世，刘裕被推举入朝辅政。成为掌握军政大权的朝廷实际掌控者。

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刘裕当权的时代，吴地八郡五斗米教没有教主、舵主、堂主级人物，几乎完全消停了。