而少年侦探团还在寻宝的时候，博物馆又传来了手枪和弯刀被盗的消息。

虽然有柯南作为人证，表示那两个寻宝人在偷盗物品后遭人狙击但却已经找不到他们了。

次日，众人发现园子小兰两人失踪。

上田井川推测是因为那两个寻宝人受伤，所以想要让别人帮他们引开鲨鱼方便他们去寻找宝藏。

有了上田井川的帮助，警方兵分两路，一方在海面寻找，另外一方跟着上田井川从另外的入口进入海底宫殿。

但因为上田井川跟柯南推理出的入口太过狭小，最后只能让高木在上面等待，上田井川跟岩永进入。

而趁高木不注意的功夫，柯南悄然无声的也跟着进入了入口。

同时，因为海面上出现了台风，从而导致目暮这边的人员无法出海。

台风的出现使在外的高木也回到警局，高木告诉焦急的毛利上田井川已经下去了。

目暮也跟毛利保证上田井川的身手不会让小兰他们出现任何危险的。

海底宫殿内，上田井川通过埋伏一人制服了两个寻宝人，救回了小兰、园子。

柯南虽然震惊于上田井川的身手，但很快恢复过来将所有的事情都理清，其中就还有关于岩永的阴谋。

在所有谜底解开后，外面的台风以及内部的地震也导致了宫殿内部出现了瓦斯泄露。

为了保护在场众人不被中毒而死，柯南利用瓦斯中的甲烷引发爆炸，打破了宫殿的顶部。

利用山洞内的海盗船浮出水面。

期间，因为柯南随身带的阿笠博士设计的氧气瓶只有两个，而上田井川根本不需要氧气瓶。

柯南为了稳住小兰两人，表示自己这里还有一个呢，让她们不要担心。

小兰一下就想到当初工藤新一也是这么对自己的。

当时下雨，小兰那时候有急事，但因为没有带雨伞，有些不知道怎么办的时候工藤新一将雨伞给了小兰，同时也像柯南这样表示自己这里还有另外的一个。