当时，江阴侯吴高正率辽东兵马围困永平（今河北秦皇岛卢龙县）。

朱棣正在左右为难之际，听说李景隆成为主将后大喜，笑道李景隆有什么才能，能够统率五十万兵马？于是果断命世子朱高炽留守北平，自己则率精兵驰援永平，随后突袭大宁（今内蒙古宁城），抓住宁王朱权的妃妾世子，逼迫他出精锐骑兵朵颜三卫助阵。

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朵颜三卫是战斗力极强的蒙古骑兵，这使朱棣如虎添翼。

李景隆大军进攻北平，果然毫无建树。朱高炽只是派人往城墙上浇浇水，坚冰冻墙，滑不留手，李景隆便束手无策。

朱棣得到朵颜三卫后，抽空洗了个澡，换了身衣服，这才回师北平，在郑村坝（今北京大兴东）大破李景隆军。李景隆大败，“鼎折足，覆公餗，其形渥，”丢盔弃甲，溃不成军，连夜狼狈南奔。

建文帝对李景隆寄予厚望，认为他屡战屡败是因为权柄太轻，于是“鼎黄耳金铉”，赐于他黄钺弓矢，授以“专征伐”之权。意思是李景隆将在外，可以不受君命，便宜行事。

但李景隆分明是扶不起的阿斗，对燕军一败再败，最终导致济南被围困。所幸山东参政铁铉固守济南，令燕军久攻不下。

铁铉守城的计策堪称绝妙。当时，朱棣用大炮轰击，眼见城门将破，铁铉把朱元璋的画像挂在城头，又制作大量朱元璋的灵牌分置城墙垛口。朱棣气得七窍生烟，却无计可施，只能乖乖退兵。朱棣对铁铉恨之入骨，夺位以后对他施以极为残酷的磔刑。

建文帝当即擢升铁铉为山东布政使，同时再次临阵换将，改用盛庸代李景隆。这一次他用对人了“鼎玉铉，大吉，无不利。”当年底，盛庸率师在东昌（今山东聊城）大败燕军。朱棣只以百名骑兵侥幸突围。

作战四年，盛庸多次击退燕军。只可惜朱棣探知应天府防备空虚后，改变战略，挥军渡江直逼京师。

李景隆大开金川门投降，应天府陷落。皇宫内院突发大火，建文帝从此不知所踪。

有人说他葬身于皇宫大火，有人说他隐姓埋名落发为僧，也有人说他避居海外，不再问中原事。